Выделение нукл. кислот (ДНК и РНК)

Частицы обладают высокой сорбционной способностью. Их поверхность имеет оптимизированную наноструктуру для предпочтительного выделения нуклеиновых кислот.

Основная процедура выделения одинакова для разных исходных образцов (кровь, плазма/сыворотка, клетки и клеточные культуры, соскобы, мазки и эпитериальные смывы, фиксированные в формалине парафинизированные образцы). Таким образом, один и тот же набор может быть использован для работы с разными образцами.

Выделенная ДНК и РНК могут использоваться в ПЦР, а также в любых других приложениях молекулярной биологии (обратная транскрипция, мечение, клонирование, стандартное и NGS секвенирование, анализаторы на чипах и т. д.).

Все наши наборы можно использовать для автоматического выделения с минимальными модификациями. Могут использоваться такие автоматизированные платформы, такие как KingFisher, Tecan или станции на базе Xiril и аналогичные.

В последние годы существенно возросла потребность в анализе экспрессии генов в большом числе образцов, которые хранятся в больницах и научно-исследовательских институтах в виде фиксированных в формалине залитых в парафин тканей (FFPE – formalin fixed paraffin embedded).

Поскольку было накоплено большое количество полученных ранее данных по заболеваниям, возможность выделять и проводить анализ РНК из образцов, хранящихся в виде парафинизированных блоков, позволяет проводить ретроспективные исследования, что в значительной степени содействует разработке перспективного лечения и профилактики заболеваний.

Отвечая потребности исследователей, широкое распространение получили различные наборы и методики экстрагирования РНК из FFPE-образцов. Однако, анализ экспрессии генов с использованием РНК, экстрагированной из FFPE-образцов, в которых наблюдается обширная деградация и/или фрагментация, или перекрестное связывание, добавление и/или модификация, довольно затруднителен из-за наличия большого количества потенциальных ингибиторов. Так как образцы фиксированных тканей обычно хранятся при комнатной температуре, РНК подвергается дополнительной деградации. Совокупное влияние всех этих факторов сказывается на эффективности анализа выделяемой РНК методами полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Влияние ингибирующих примесей особенно сильно проявляется при проведении реакции синтеза первой цепи кДНК. Очистка РНК от ингибиторов позволяет существенно повысить эффективность ПЦР как конечной стадии анализа. В нашем исследовании мы оценивали эффективность выделения РНК из парафинизированных образцов ткани фиксированных в формалине наборами фирмы ООО "Силекс" (Россия) и фирмы Qiagen GmbH (Германия).

Для определения качества РНК, выделенной из FFPE-образцов, использовали индекс целостности (RIN) с помощью микрокапиллярного электрофореза Agilent Technologies (Schroeder, A., Mueller, O., Stocker, S. et al., The RIN: аn RNA Integrity number for assigning integrity values to RNA measurements BMC Molecular Biol (2006) 7: 3. doi:10.1186/1471-2199-7-3), а также проводили измерение концентрации РНК. Качество выделенной РНК проверяли по анализу уровня экспрессии 11 функциональных генов и 2 генов «домашнего хозяйства» по значению точки пересечения (crossing point, Cp). В работе были использовали протоколы выделения ДНК/РНК для FFPE-образцов на магнитных частицах (ООО "Силекс", Россия) и колонках мини-спин (Qiagen GmbH, Германия). Для оценки сопоставимости методик был проведен корреляционный анализ исследуемых генов.

RNA Protector

RNA Protector является веществом небелковой природы, предназначенным для защиты препаратов РНК.

Этот препарат стабилизирует РНК в ферментативных реакциях и защищает РНК от действия РНаз и от оксидативных повреждений. Поскольку этот препарат небелковой природы, он не теряет активности при замораживании и нагреве, как в случае со стандартными белковыми ингибиторами рибонуклеаз.

Мы рекомендуем использовать RNA Protector в первую очередь со следующими нашими наборами:

• Выделение ДНК/РНК из плазмы и сыворотки крови на магнитных частицах SileksMagNA (кат.#: KIRPS0100),
• Выделение циркулирующей нуклеиновой ктслоты из плазмы и сыворотки крови на магнитных частицах SileksMagNA (кат.#: KIRCNA1000),
• Выделение ДНК/РНК из фиксированных в формалине парафинизированных (FFPE) образцов (кат.#: KIRFFPE0100),
• Выделение ДНК/РНК из клеточных культур (кат.#: KIRСС0100).

Также мы рекомендуем использовать RNA Protector во всех случаях, где предметом дальнейшего исследования будет РНК. Полный текст статьи вы можете прочитать здесь.