Клеточные культуры

Культуры клеток животных часто используются в качестве моделей для различных исследований. Использование культуральных технологий - хорошая замена работе с живыми животными. С экономической точки зрения культуральные технологии намного выгоднее. При работе с культурами клеток можно избежать влияния на эксперимент многих побочных факторов организменного уровня, связанных с физиологией и иногда психологией животного. Клеточные культуры часто используются для исследования воздействия различных патогенов и химических веществ. Также они часто задействованы в изучении изменений уровней экспрессии генов под действием различных факторов. В последнем случае особенно важна стандартизованная и воспроизводимая методика выделения нуклеиновых кислот.

На снимке справа показана тотальная нуклеиновая кислота, выделенная на частицах SileksMagNA из прибл. 3×105 клеток HeLa и нанесённая на форезный гель. Верхняя полоса - это геномная ДНК (гель сильно перегружен из-за очень высокого содержания ДНК в выделенном образце). Бледный шмер представлен преимущественно различными РНК, а две чёткие полосы меньшей молекулярной массы - это рибосомальная РНК.

Обратите внимание: наборы оптимизированы для выделения нуклеиновых кислот из примерно 10⁵ клеток. Тем не менее может потребоваться оптимизация количества клеток в каждом конкретном случае в зависимости от используемого типа клеток. Основная рекомендация состоит в том, чтобы подобрать то минимальное число клеток, которое необходимо для получения устойчивого и повторяемого результата. Обычно оно лежит в диапазоне от 0,5×10⁵ до 5×10⁵ клеток в образце.

В зависимости от типа используемых магнитных частиц возможно выделять преимущественно ДНК (SileksMagNA-G) или ДНК и всю РНК (SileksMagNA). Нужно помнить, что после выделения в полученном препарате всегда будут присутствовать оба типа нуклеиновых кислот. Часто это удобно, например, при изучении экспрессии. Присутствие геномной ДНК позволяет нормализовывать полученные уровни экспрессии по числу клеток, попавших в пробу. Потому что количество ДНК в препарате прямо пропорционально числу клеток, взятых для выделения. А РНК после реакции обратной транскрипции и синтеза первой цепи кДНК позволяет определить собственно сами уровни экспрессии. Затем по определённым формулам с использованием данных о содержании ДНК можно с высокой точностью рассчитать относительные уровни экспрессии в разных образцах, даже если в них попало сильно различающееся число клеток.