Выделение полноразмерной мРНК на магнитных частицах

Выделение полноразмерной поли(А) мРНК. Альтернативные методы.

 

Выделение полноразмерной поли(А) мРНК возможно несколькими альтернативными способами. Наиболее чистая мРНК получается при выделении из предварительно очищенной тотальной РНК. Мы предлагаем два варианта выделения полноразмерной поли(А) мРНК. Оба варианта могут быть применены для выделения мРНК как из предварительно очищенной тотальной РНК, так и непосредственно из клеток или образца ткани: 1. K0600, Выделение полноразмерной поли(А) мРНК на магнитных частицах 2. K0190, SileksMag-oligo(dT)30, магнитные частицы с олиго(дТ)

 

В наборе K0600, Выделение полноразмерной поли(А) мРНК на магнитных частицах, используется двух этапная процедура. На первом этапе биотинилированный зонд связывается с поли(А) мРНК. На втором этапе биотинилированные зонды (связавшиеся с РНК или нет) собираются магнитными частицами со стрептавидином.

 

При использовании этого набора важно учитывать следующее:

- количество выделяемой РНК зависит от количества используемого биотинилированного зонда

- эффективность связывания зонда зависит от параметров реакционной среды (вязкость, солевой состав, наличие таких дополнительных компонентов, как полисахариды, белки и другие)

- нужно использовать правильное соотношение биотинилированного зонда и магнитных частиц со стрептавидином, чтобы выделение РНК было максимально эффективным

- магнитные частицы со стрептавидином могут неспецифически сорбировать нуклеиновые кислоты, белки и другие компоненты, снижая тем самым эффективность связывания биотинилированного зонда. Неспецифическое связывание в значительной степени зависит от параметров реакционной среды (вязкость, солевой состав, наличие таких дополнительных компонентов, как полисахариды, белки и другие)

 

Основным преимуществом данного набора является то, что связывание РНК со свободным зондом имеет более высокую эффективность по сравнению со связыванием с зонда, пришитым на поверхности сорбента. После процедуры выделения РНК частицы можно использовать повторно, но уже в качестве частиц с зондом, фиксированном на поверхности. 

 

При использовании K0190, SileksMag-oligo(dT)₃₀, магнитные частицы с олиго(дТ), легко стандартизовать процедуру выделения РНК исходя из постоянной емкости частиц.

 

Поверхность частиц SileksMag-oligo(dT)₃₀ оптимизирована для снижения неспецифической сорбции как нуклеиновых кислот, так и белков. Но работая с частицами все равно нужно иметь в виду, что неспецифическое связывание никуда не девается и напрямую зависит от параметров реакционной среды. Чем менее концентрированной (более разбавленной) является реакционная смесь для выделения, тем более чистый продукт будет получен на выходе. Старайтесь брать в работу для выделения РНК как можно меньше исходного материала (клеток или ткани) и вы удивитесь, что чем меньше материала вы берете, тем больше и качественнее вы будуте выделять.